Formation DRomics > Description DRomics

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Mercredi 29 juin - 14h -17h30 - Metz, Campus Bridoux, sur le lieu du colloque SEFA

 

En écotoxicologie, les méthodes omiques permettent d’explorer les effets des facteurs de stress à l’échelle moléculaire, d’étudier les réponses des voies métaboliques ou encore de découvrir de nouveaux biomarqueurs. Appliquées dans un cadre dose-réponse, ces approches ouvrent de nouvelles perspectives pour la compréhension mécaniste et l’évaluation des risques écologiques. Mais la spécificité et la complexité des réponses omiques nécessitent un workflow spécifique capable de gérer correctement ces données. L’outil DRomics (https://lbbe.univ-lyon1.fr/-Dromics-.html) a été récemment développé dans le but d’analyser ce type de données collectées dans le cadre d’un plan expérimental dose-réponse ou même de données in situ collectées sur des organismes exposés naturellement le long d’un gradient.

L’outil DRomics permet :

  • Sélectionner les items (gènes, métabolites…) qui répondent de manière significative à un gradient de concentration (réponses monotones et biphasiques)
  • De caractériser la réponse de chaque item en ajustant une courbe dose-réponse (DR) et en calculant une concentration/dose d’effet telle qu’une benchmark dose/concentration (BMD)
  • De visualiser globalement les résultats des modélisations (formes des courbes DR, valeurs des BMD) de tous les items sélectionnés, potentiellement à différentes niveaux omiques (par ex. transcriptomique, métabolomique) ou dans différentes conditions (par ex. avec/sans pré-exposition, à différents temps d’exposition) et les interpréter au regard de leur annotation biologique dans une base commune (par ex. KEGG ou Gene Ontology)

Pour les participants, les objectifs sont de :

-        Comprendre les bases des analyses utilisées dans le traitement des données moléculaires (e.g. microarray, RNAseq, métabolomique)

-        Comprendre les bases de la modélisation DR (régression non-linéaire, choix du meilleur modèle, calcul de la benchmark dose, estimation de l’incertitude)

-        Comprendre le but de chaque étape de l’outil afin d’optimiser la gestion des paramètres

-        Apprendre comment utiliser DRomics (application en ligne et package R pour les participants ayant des bases sur R)

-        Explorer les sorties de l’outil et échanger sur leur utilisation dans le cadre de différentes applications

Nous demandons aux participants de venir avec leur ordinateur portable si possible. Aucune compétence sous R n’est requise. Pour la partie pratique, des jeux de données seront fournis aux participants. Les participants peuvent également venir avec leurs propres jeux de données s’ils le souhaitent.

Références :

Larras F., Billoir E., Baillard V., Siberchicot A., Scholz S., Wubet T., Tarkka M., Schmitt-Jansen M., Delignette-Muller ML. DRomics: A Turnkey Tool to Support the Use of the Dose–Response Framework for Omics Data in Ecological Risk Assessment. Environmental Science & Technology 52, 14461–14468 (2018)

Larras F., Billoir E., Scholz S., Tarkka M., Wubet T., Delignette-Muller ML., Schmitt-Jansen M. A multi-omics concentration-response framework uncovers novel understanding of triclosan effects in the chlorophyte Scenedesmus vacuolatus. Journal of Hazardous Materials. https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2020.122727. (2020)

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